Em 2006, o Corinthians, que venceu o Campeonato Brasileiro no ano interior, entrou na competição comandado por Carlitos Tevez e Nilmar, mas foi eliminado pelo River Plate (ARG) nas oitavas de final.
Na mesma fase, São Paulo e Palmeiras fizeram dois grandes jogos com vitória do Tricolor no placar agregado por 3 a 2. Único paulista a seguir na competição, o time do capitão Rogério Ceni chegou á final sendo derrotado pelo Internacional.
Em 2013, a fase oitavas de final mais uma vez foi o fim do caminho para o alvinegro da capital. Após conquistar a melhor campanha na primeira fase, o Corinthians sofreu com duas grandes atuações de Juan Román Riquelme do Boca Juniors (ARG). A vitória de 2 a 1 dos argentinos no placar agregado eliminou o time de Tite do torneio.
Palmeiras e São Paulo também foram eliminados na mesma fase. O Alviverde, que conquistou a classificação com uma rodada de antecedência na fase de grupos, enfrentou o Tijuana (MEX). Após empatar fora de casa, o alviverde perdeu no Pacaembu por 2 a 1. Já o São Paulo encarou o Atlético Mineiro, time que havia enfrentado em outras duas oportunidades na fase inicial. Ronaldinho Gaúcho foi o destaque dos mineiros que venceram no placar agregado por 6 a 2 e, mais tarde, seriam campeões continentais.
