A PUC Campinas foi condenada em 1° instância pela Justiça Federal a devolver R$ 240 milhões em impostos não pagos por conta de benefícios fiscais concedidos à instituições filantrópicas. Entre os itens citados pela Justiça, o número de bolsas de estudo que a universidade deveria oferecer para se enquadrar na isenção de impostos seriam insuficientes.
Este valor é referente ao período entre novembro de 2008 a fevereiro de 2009, onde vigorou uma medida provisória que garantia a renovação dos certificados de filantropia e isenção fiscal. A PUC não foi a única a ser condenada, ao todo, outras 8 universidades e um hospital foram condenados a ressarcir cerca de R$ 930 milhões de reais aos cofres públicos.
De acordo com a lei que garante a isenção de impostos para instituições, de cada 9 alunos que pagam o valor total da mensalidade, uma bola de estudo deve ser disponibilizada, em todos os cursos de graduação fornecidos, além de usar 20% da arrecadação bruta para fins filantrópicos e ser inscritas no programa federal PROUNI.
De acordo com o coordenador Jurídico da PUC-Campinas, André Heinemann, a instituição atende a todos os requisitos previstos em lei pelo Ministério da Educação. A instituição apresentou recurso de apelação no Tribunal da Segunda Região.